Kilencévesen kezdett zongorázni, ekkor zeneszerzői és klasszikus zongoraművészi karrierről álmodott. Tanulmányait Szabó Márta tanítványaként a Bartók Béla Zeneművészeti Szakiskolában végezte. Ekkoriban ismerkedett meg a dzsesszel, érdeklődése a kötetlenebb, új műfaj felé fordult.
1957-től Kovács Andor gitáros együttesének volt a tagja, tíz évvel később már saját zenekarával szerepelt az Anthology nevű válogatáslemezen. 1968-ban Duka Norberttel és Lakatos Gézával megalakította az LDL triót, amely a Magyar Rádió versenyén megosztott első díjat kapott. 1970-ben tagja volt Pege Aladár nagybőgős kvartettjének, amely a világ egyik legnevesebb dzsesszfesztiválján, Montreux-ben második díjat nyert.
1972-76 között a Rákfogó, 1980-tól a Babos Gyulával létrehozott Saturnus együttessel, majd a magyar dzsessztörténet egyik legfontosabb zenekara, a Hungarian Jazz Quartet tagjaként elévülhetetlen érdemei voltak a fúziós dzsessz térnyerésében. Szakcsi használt Magyarországon először Fender zongorát. A hetvenes évek kezdetétől tizenkét éven át tanított a Bartók Béla Zeneművészeti Szakközépiskola dzsessz-zongora szakán.
A példaképéhez, Leonard Bernsteinhez hasonlóan rendkívül sokoldalú Szakcsi játszik együttesben és szólóban, saját kompozíciókat és dzsessz-standardokat, előadott nagyzenekari kísérettel klasszikus versenyművet, fellépett ifjú dzsessztehetségek oldalán és a 100 Tagú Cigányzenekarral, rögzített lemezre négykezeseket Vukán Györggyel, és adott ki népdalfeldolgozásokat tartalmazó világzenei albumot. A világ legrangosabb fesztiváljain lép fel, gyakran társul külföldi muzsikusokhoz alkalmi együttesekben. A külföldi zenészekkel az együttműködésből az ütős George Jindával közös lemezek tűnnek ki. A George Jinda és Chieli Minucci által alkotott Special EFX szólistájaként Szakcsi tucatnyi korongon szerepelt szerzőként, illetve előadóként, a nyolcvanas évek derekán e lemezeknek köszönhetően köthetett szerződést az amerikai GRP kiadóval.
A cigány folklór gyűjtésével és színpadi művekké formálásával is foglalkozik. A dzsesszt a komolyzenével, népzenével és cigányzenével ötvözve új műfajt, a gipsy-jazzt teremtette meg. Írt musicaleket, rockoperákat (Piros karaván, Egyszer egy cigánylány, Cigánykerék, Szidike lakodalma, A bestia, Szentivánéji álom), Cristoforo címmel balettet is. Az utóbbi évtizedben behatóan tanulmányozta Kurtág György, Ligeti György, Eötvös Péter, Pierre Boulez munkásságát, érdeklődése a fúziós dzsessz mellett egyre inkább a kortárs komolyzene és a dzsessz ötvözése felé fordult. Szakcsi azt vallja, hogy napjainkban a zenészeknek és a zenének is jót tesz a nyitottság, és annak a lehetőségét kutatja, miként lehet az eddig elkülönülő zenei műfajokból közös nyelvet teremteni. Tervei között szerepel egy opera komponálása is.
Nevéhez több különleges koncert fűződik. 2002 óta itthon több alkalommal előadta Mozart D-dúr (Koronázási) zongoraversenyét különböző szimfonikus zenekarok kíséretével. A három tételes versenyműhöz Mozart írt ugyan kadenciákat, de a tételek végét nyitva hagyta: ezeken a helyeken Szakcsi saját dzsessz-improvizációit játssza. Néhány éve zenekarával a London Jazz Fesztiválon lépett fel, a BBC rádió élőben közvetítette estjüket New Gypsy Jazz címmel. Igazi különlegességnek számított a Lyoni Zenei Biennálén Lukács Miklós cimbalmossal előadott improvizációja. Legutóbbi önálló albuma Live at the Budapest Jazz Club címmel jelent meg 2010-ben.
Szakcsi fellépésein a formációtól függően a dzsessz bármely stílusában otthonosan mozog, és nem szakított a szólózongorás koncertekkel sem. Egy nyilatkozatában azt mondta: "egyformán játszom bármilyen közegben; úgy értem, a saját zenémet, és nem a különböző irányzatok begyakorlott sztereotípiáit". Legújabb együttese a Climate Change nevet viseli, tagja Dresch Mihály (szaxofon), Szandai Mátyás (bőgő) és Balázs Elemér (dob).
A sokoldalú művész 1987-ben megkapta a Liszt Ferenc-díjat, 1994-ben a Szabó Gábor-életműdíjat. 2002-ben lett érdemes művész, ugyanebben az évben elnyerte a Budapestért Díjat. A Kossuth-díjat 2005-ben vehette át, 2006-ban Prima-díjas lett, 2010-ben elnyerte a Magyar Kultúra Követe címet, valamint a Hazám-díjat. Két fia, ifjabb Szakcsi Lakatos Béla, valamint Szakcsi Lakatos Róbert szintén elismert dzsesszzenész. Szakcsi Lakatos Bélát a Budapest Jazz Clubban koncerttel köszöntik 70. születésnapján pályatársai.